Die drei bedeutenden Flüsse Ostbayerns sind die Donau, der Regen und die Naab. Die natürliche Grenze des Waldgebirges bildet im Süden die Donau. Die Naab nähert sich dem Bayerwald nur an seiner westlichsten Grenze.

Dominierender Fluss des Bayerischen Waldes ist mit seinen ca. 185km der Regen, der mit allen seinen Quellarmen bereits den östlichen Teil entwässert und als zentrale Wasserachse durch den gesamten Bayerischen Wald fließt. Ab Cham bildet er die nördliche Einfassung des Vorderen Bayerischen Waldes und schließlich, bevor er eine abrupte Süddrehung im Regenknie bei Marienthal vollzieht, mündet er in Regensburg in die Donau.

Der Weg des Regens ist mühsam und an machem harten Granitblock des Bayerischen Waldes kaut der Fluss noch heute. Bei einer Bootswanderung bezeugen dies viele Felsen, die aus dem Wasser schauen und knapp unter der Wasseroberfläche sich, nur durch ein leichtes Kräuseln, zu erkennen geben. Auf der Bootswanderstrecke sind im Bereich des Blaibacher Sees bis Chamerau und zwischen Nittenau und Ramspau deren besonders viele. Doch keine Angst, der Waldlerfluss führt immer genügend Wasser, so dass man sein Boot nie schieben muss. Der Fluss ist nicht tückisch, aber er will beachtet sein und erfrischt jeden, der meint ihn nicht beachten zu müssen.

Ein idealer Bootswanderfluss sollte nie zu wenig, aber auch nicht zuviel Wasser haben. Das Wasser soll noch dazu sauber sein. Er sollte immer schön gleichmäßig und nicht zu schnell fließen und vieles mehr.
Der Regen kann es!
Der längste Bayerwaldler ist sicherlich einer der beliebtesten. Tausende besuchen ihn an sonnigen Sommertagen um sich an ihm und in ihm zu erholen.

Der Flussname Regen ist in Deutschland einmalig. Die meisten Flüsse sind feminin, wie die Donau, die Lahn, die Altmühl, die Weser usw., und so ist der Regen auch als "männlicher" Fluss eine Besonderheit. Den Fluss gibt es gleich fünfmal im Bayerischen Wald als:

• Großen Regen,
• Kleinen Regen,
• Schwarzen Regen,
• Weißen Regen und schließlich als
• den "Regen".

Des weiteren ist der Name auch Bestandteil in vielen Ortnamen entlang des Flusses:

• Kreisstadt Regen,
• Regenhütte,
• Regenpeilstein,
• Weißenregen,
• Regenstauf v. a. m. und
• Regensburg.

Regensburg, zur Zeit der Römer Castra Regina ("Burg am Regen") genannt, wurde nicht nach der mächtigen Donau, sondern nach dem schmächtigen Regen benannt. Im Regensburger Stadtmuseum hängt eine einst acht Meter lange und fast einen meter hohe römische Schrifttafel aus Stein und ist die älteste Gründungsurkunde einer deutschen Stadt. Der Name Regensburg erscheint erstmals im "Itinerarium Antonini", aus der Zeit Marc Aurels und im "Notitia dignitatum" (ein offizielles Verzeichnis aller Militärverbände und Beamtenkörper des römischen Reiches um ca. 400 n. Chr.) als Castra Regina. Womöglich wurde es nur so bezeichnet, weil ein "Castra Danubia" nicht so eindeutig zu bestimmen gewesen wäre. Castra Regina deutet eindeutig auf eine Lage am Regen hin. Der Fluss hieß Regan, Reginum und so übersetzten die Bajuwaren den Ortsnamen in "Regansburc", was später zu Regensburg mutierte.

Woher kam aber der Name Regen?
Darüber ist sich die Geschichtsforschung noch nicht ganz einig. So bieten sich verschiedene Möglichkeiten an:

• im indogermanischen bedeutet "regi" bewässern, überschwemmen und ist vergleichbar mit der lateinischen Bezeichnung "rigare",
• die illyrischen Wörter "Nar" und "Var" bedeuten Wasser, Fluss und Ache und "Regen" ist nur eine Übersetzung davon. Bestärkt wird diese These durch eine alte Legende, in der die Rede von Anwohnern des Flusses, den Naristen ist,
• laut Carl Burger ist der Hauptbestandteil die Vorsilbe "Re" und bedeutet nur "fließen",
• das altdeutsche Wort "Rekan" bedeutet "rauschen" und Regen ist davon abgeleitet,
• "Regan" im Althochdeutschen bedeutet "von den Wolken kommende Wasser" und bietet sich deshalb an, weil ein in der Gäubodenebene stehender Betrachter, den Regen als Ergebnis der sich über den Bayerischen Wald abregnenden Wolken betrachtet.

Ungeachtet dessen weist wohl kein anderer Flussname im deutschen Sprachgebrauch so treffend auf das Rauschen den Wassers hin.